办理日本签证的最佳地点有以下几种选择：
使领馆及领事馆
日本大使馆：位于北京，负责处理重要的外交事务和签证发放。
领事馆：设在上海、广州、重庆和沈阳等城市，负责具体的签证办理工作。
签证申请中心：在一些国家和地区设立，提供签证申请咨询、材料受理、预约面试等服务。
代理机构
可以通过日本相关代理服务机构进行办理，这些机构通过网络咨询、线上提交材料和预约面试等方式提供服务。选择代理机构时，应参考其信誉度和服务质量。
线上申请
可以通过日本签证在线申请系统（Japan Visa）进行在线填写签证申请表、上传照片和其他相关材料，并通过在线支付服务收费。线上申请具有无需出门、申请流程简便的优点，但需注意操作问题。
其他途径
部分大型旅行社也提供签证代办服务，通常与日本旅游局等官方机构有紧密合作，提供包括酒店预定、景点介绍等在内的一揽子服务。
建议
选择使领馆或领事馆：若您身处北京、上海、广州等城市，可以直接在当地的日本领事馆申请签证，这样最为便利。若离领事馆较远，可以考虑通过代理机构或线上申请。
选择代理机构：选择有信誉和资质的代理机构可以节省时间和精力，但需注意费用问题。
线上申请：适合时间紧迫或不太熟悉网络操作的人，流程简便且保密性好，但需确保所选择的平台可靠。
综合考虑，若您方便前往领事馆，建议优先选择使领馆或领事馆办理；若时间紧迫或希望更便捷地办理，可以选择线上申请或信誉良好的代理机构。
