非法营运的管理部门主要包括 交通部门和工商部门。两者都有行政处罚权,并且依据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条,未取得道路运输经营许可而擅自从事道路运输经营的,由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营,并根据违法所得情况处以罚款等处罚。同时,工商部门也对无照经营的行为有管理权,可以对班线、旅游、出租客运等进行罚款,并在社会危害严重的情况下处以更高额度的罚款,甚至没收运输工具。
此外,如果非法营运行为构成犯罪,则公安机关有权进行立案侦查,并追究刑事责任。因此,非法营运既可以由交通管理部门进行行政处罚,也可以在构成犯罪时由公安机关进行刑事立案侦查。